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测序中国篇一:精准医疗：4篇Nature奠定临床新技术（表观遗传学）测序中国
4篇nature 子刊：证实表观遗传学在精准医疗上的可行性
基因测序的广泛应用意味着科学家可以检测大量的癌症基因组序列，然而到目前为止研究表明大部分的癌症基因突变被归为表观遗传修饰，这使得基因测序在疾病诊断中的局限性越来越凸显。表观遗传学分析解决了基因检测的局限性，有助于确保患者在正确的时间得到正确的诊断和正确的药物治疗。
表观遗传学是指DNA的化学修饰以及控制基因活性的相关蛋白，这些表观遗传学修饰决定了每个人类细胞中2米长的DNA如何折叠成微小的细胞核。表观遗传修饰可在细胞分裂过程中传递给下一代，此外，表观遗传机制是外界环境影响基因活性的接口。
表观遗传学可发生于所有的癌症及其他各种疾病中，分析表观遗传学可深入了解患者个体的疾病机制，这对更好地诊断以及具体治疗决策意义深远。在许多疾病中，包括所有的癌症，基因组的表观控制很令人费解，测量表观遗传变化可为特定疾病提供详细的分析，这往往是识别疾病亚型或确定合适疗法的关键信息，因此表观遗传学在提高疾病诊断和治疗决策上将大有作为。
近年来，表观遗传学成为了研究热点，有望成为肿瘤、糖尿病、炎症、发育障碍、代谢性疾病、心血管疾病、自身免疫性疾病、疼痛、神经系统疾病的药物研发基石。6月27日，由奥地利科学院CeMM分子医学研究中心Christoph Bock以及伦敦大学Stephan Beck引领的国际科学小组在Nature平台上联合发布了四篇论文，证实了表观遗传学在临床诊断和精准医疗上的可行性。
这系列研究在各地实验室技术的基础上，证实了表观遗传学检测的准确性和坚固性。将来，研究人员将对该方法进行优化，表观遗传学分析有望广泛用于癌症及其他疾病的个性化治疗中。因而，这四项研究也构成了表观遗传学应用于临床诊断和精准医学的一个里程碑。
2篇Nature Biotechnology：证实DNA甲基化检测可广泛应用于临床
DNA甲基化在不同疾病中表现出不同的模式，通常与临床信息相对应，如疾病亚型、预后和药物反应等，在通过恰当的检测和验证之后，这种关联性可被利用在临床诊断和个性化治疗决策中。
在该论文中，来自三个州的18个研究小组比较了目前临床上使用较为广泛的DNA甲基化分析方法。研究人员将32个参考样品送往7个国家的18个实验室进行检测，这些实验室的研究人员为27个预定义的基因组区域共同贡献了21个特异性位点分析和6个全面性分析。研究人员评估了低输入样本的检测灵敏度以及评估区分细胞类型的检测能力。通过比较发现，所有的检测方法都表现出很好的效果，其中扩增子测序和亚硫酸氢钠测序展现出最全面的性能。该研究揭示了DNA甲基化在大规模的验证研究、生物标志物的开发和临床诊断中的可行性，并表明基于DNA甲基化的表观遗传学检测是一项可广泛应有于临床的成熟技术。
同时，伦敦大学的研究人员也在《Nature Biotechnology》上揭示了全基因组DNA甲基化测序技术的计算机验证结果，证实了DNA甲基化差异在样本鉴别和疾病亚型鉴别中的实用价值。
2篇Nature Communications：表观遗传学对具有广泛异质性疾病临床诊断的可行性
全基因组亚硫酸氢钠测序的成本仍然是许多研究的瓶颈，因此从一个给定的数据集中提取尽可能多的信息成为了必要。为此，伦敦大学的研究人员进一步拓展了分析，在《Nature Communications》上展示了新的生物信息学方法，用于在低成本效益低覆盖度的DNA甲基化测序数据中寻找与特定疾病相关的DNA甲基化模型。
此外，奥地利科学院CeMM分子医学研究中心的研究人员和南安普顿大学及皇家伯恩茅斯医院的研究人员共同在《Nature Communications》上表明，染色质映射（chromatin mapping ）在慢性淋巴白血病疾病亚型的识别预后预测的具有实用性。这项研究突出了表观遗传学生物标志物的临床应用价值，尤其是对具有广泛异质性的疾病。
奥地利科学院CeMM分子医学研究中心的Christoph Bock表示，“表观遗传学在精准医学的临床实践中发挥着关键的作用，它承载着每个细胞独特的经历，并且可用于预测癌细胞对药物治疗的反应，这对个性化治疗来说非常有效。”
参考文献：
1.Christoph Bock et al, Quantitative comparison of DNA methylation assays for biomarker development and clinical applications, Nature Biotechnology, doi:10.1038/nbt.3605
2.Emanuele Libertini et al, Saturation analysis for whole-genome bisulfite sequencing data, Nature Biotechnology,doi:10.1038/nbt.3524
3.Emanuele Libertini et al, Information recovery from low coverage whole-genome bisulfite sequencing,Nature Communications, doi:10.1038/ncomms11306
4. André F. Rendeiro et al, Chromatin accessibility maps of chronic lymphocytic leukaemia identify subtype-specific epigenome signatures and transcription regulatory networks, Nature Communications, doi:10.1038/ncomms11938
转自：生物探索
测序中国篇二:Linux常用命令大全测序中国
本文转自http://www.php100.com/html/webkaifa/Linux/2009/1106/3485.html系统信息 arch 显示机器的处理器架构(1) uname -m 显示机器的处理器架构(2) uname -r 显示正在使用的内核版本 dmidecode -q 显示硬件系统部件 - (SMBIOS / DMI) hdparm -i /dev/hda 罗列一个磁盘的架构特性 hdparm -tT /dev/sda 在磁盘上执行测试性读取操作 cat /proc/cpuinfo 显示CPU info的信息 cat /proc/interrupts 显示中断 cat /proc/meminfo 校验内存使用 cat /proc/swaps 显示哪些swap被使用 cat /proc/version 显示内核的版本 cat /proc/net/dev 显示网络适配器及统计 cat /proc/mounts 显示已加载的文件系统 lspci -tv 罗列 PCI 设备 lsusb -tv 显示 USB 设备 date 显示系统日期 cal 2007 显示2007年的日历表 date 041217002007.00 设置日期和时间 - 月日时分年.秒 clock -w 将时间修改保存到 BIOS 关机 (系统的关机、重启以及登出 ) shutdown -h now 关闭系统(1) init 0 关闭系统(2) telinit 0 关闭系统(3) shutdown -h hours:minutes & 按预定时间关闭系统 shutdown -c 取消按预定时间关闭系统 shutdown -r now 重启(1) reboot 重启(2) logout 注销 文件和目录 cd /home 进入 "/ home" 目录" cd .. 返回上一级目录 cd ../.. 返回上两级目录 cd 进入个人的主目录 cd ~user1 进入个人的主目录 cd - 返回上次所在的目录 pwd 显示工作路径 ls 查看目录中的文件 ls -F 查看目录中的文件 ls -l 显示文件和目录的详细资料 ls -a 显示隐藏文件 ls *[0-9]* 显示包含数字的文件名和目录名 tree 显示文件和目录由根目录开始的树形结构(1) lstree 显示文件和目录由根目录开始的树形结构(2) mkdir dir1 创建一个叫做 "dir1" 的目录" mkdir dir1 dir2 同时创建两个目录 mkdir -p /tmp/dir1/dir2 创建一个目录树 rm -f file1 删除一个叫做 "file1" 的文件" rmdir dir1 删除一个叫做 "dir1" 的目录" rm -rf dir1 删除一个叫做 "dir1" 的目录并同时删除其内容 rm -rf dir1 dir2 同时删除两个目录及它们的内容 mv dir1 new_dir 重命名/移动 一个目录 cp file1 file2 复制一个文件 cp dir/* . 复制一个目录下的所有文件到当前工作目录 cp -a /tmp/dir1 . 复制一个目录到当前工作目录 cp -a dir1 dir2 复制一个目录 ln -s file1 lnk1 创建一个指向文件或目录的软链接 ln file1 lnk1 创建一个指向文件或目录的物理链接 touch -t 0712250000 file1 修改一个文件或目录的时间戳 - (YYMMDDhhmm) file file1 outputs the mime type of the file as text iconv -l 列出已知的编码 iconv -f fromEncoding -t toEncoding inputFile > outputFile creates a new from the given input file by assuming it is encoded in fromEncoding and converting it to toEncoding. find . -maxdepth 1 -name *.jpg -print -exec convert "{}" -resize 80x60 "thumbs/{}" \; batch resize files in the current directory and send them to a thumbnails directory (requires convert from Imagemagick) 文件搜索 find / -name file1 从 "/" 开始进入根文件系统搜索文件和目录 find / -user user1 搜索属于用户 "user1" 的文件和目录 find /home/user1 -name \*.bin 在目录 "/ home/user1" 中搜索带有".bin" 结尾的文件 find /usr/bin -type f -atime +100 搜索在过去100天内未被使用过的执行文件 find /usr/bin -type f -mtime -10 搜索在10天内被创建或者修改过的文件 find / -name \*.rpm -exec chmod 755 "{}" \; 搜索以 ".rpm" 结尾的文件并定义其权限 find / -xdev -name \*.rpm 搜索以 ".rpm" 结尾的文件，忽略光驱、捷盘等可移动设备 locate \*.ps 寻找以 ".ps" 结尾的文件 - 先运行 "updatedb" 命令 whereis halt 显示一个二进制文件、源码或man的位置 which halt 显示一个二进制文件或可执行文件的完整路径 挂载一个文件系统 mount /dev/hda2 /mnt/hda2 挂载一个叫做hda2的盘 - 确定目录 "/ mnt/hda2" 已经存在 umount /dev/hda2 卸载一个叫做hda2的盘 - 先从挂载点 "/ mnt/hda2" 退出 fuser -km /mnt/hda2 当设备繁忙时强制卸载 umount -n /mnt/hda2 运行卸载操作而不写入 /etc/mtab 文件- 当文件为只读或当磁盘写满时非常有用 mount /dev/fd0 /mnt/floppy 挂载一个软盘 mount /dev/cdrom /mnt/cdrom 挂载一个cdrom或dvdrom mount /dev/hdc /mnt/cdrecorder 挂载一个cdrw或dvdrom mount /dev/hdb /mnt/cdrecorder 挂载一个cdrw或dvdrom mount -o loop file.iso /mnt/cdrom 挂载一个文件或ISO镜像文件 mount -t vfat /dev/hda5 /mnt/hda5 挂载一个Windows FAT32文件系统 mount /dev/sda1 /mnt/usbdisk 挂载一个usb 捷盘或闪存设备 mount -t smbfs -o username=user,password=pass //WinClient/share /mnt/share 挂载一个windows网络共享 磁盘空间 df -h 显示已经挂载的分区列表 ls -lSr |more 以尺寸大小排列文件和目录 du -sh dir1 估算目录 "dir1" 已经使用的磁盘空间" du -sk * | sort -rn 以容量大小为依据依次显示文件和目录的大小 rpm -q -a --qf "%10{SIZE}t%{NAME}n" | sort -k1,1n 以大小为依据依次显示已安装的rpm包所使用的空间 (fedora, redhat类系统) dpkg-query -W -f="${Installed-Size;10}t${Package}n" | sort -k1,1n 以大小为依据显示已安装的deb包所使用的空间 (ubuntu, debian类系统) 返回顶部索引 ^用户和群组 groupadd group_name 创建一个新用户组 groupdel group_name 删除一个用户组 groupmod -n new_group_name old_group_name 重命名一个用户组 useradd -c "Name Surname " -g admin -d /home/user1 -s /bin/bash user1 创建一个属于 "admin" 用户组的用户 useradd user1 创建一个新用户 userdel -r user1 删除一个用户 ( "-r" 排除主目录) usermod -c "User FTP" -g system -d /ftp/user1 -s /bin/nologin user1 修改用户属性 passwd 修改口令 passwd user1 修改一个用户的口令 (只允许root执行) chage -E 2005-12-31 user1 设置用户口令的失效期限 pwck 检查 "/etc/passwd" 的文件格式和语法修正以及存在的用户 grpck 检查 "/etc/passwd" 的文件格式和语法修正以及存在的群组 newgrp group_name 登陆进一个新的群组以改变新创建文件的预设群组 返回顶部索引 ^文件的权限 - 使用 "+" 设置权限，使用 "-" 用于取消 ls -lh 显示权限 ls /tmp | pr -T5 -W$COLUMNS 将终端划分成5栏显示 chmod ugo+rwx directory1 设置目录的所有人(u)、群组(g)以及其他人(o)以读（r ）、写(w)和执行(x)的权限 chmod go-rwx directory1 删除群组(g)与其他人(o)对目录的读写执行权限 chown user1 file1 改变一个文件的所有人属性 chown -R user1 directory1 改变一个目录的所有人属性并同时改变改目录下所有文件的属性 chgrp group1 file1 改变文件的群组 chown user1:group1 file1 改变一个文件的所有人和群组属性 find / -perm -u+s 罗列一个系统中所有使用了SUID控制的文件 chmod u+s /bin/file1 设置一个二进制文件的 SUID 位 - 运行该文件的用户也被赋予和所有者同样的权限 chmod u-s /bin/file1 禁用一个二进制文件的 SUID位 chmod g+s /home/public 设置一个目录的SGID 位 - 类似SUID ，不过这是针对目录的 chmod g-s /home/public 禁用一个目录的 SGID 位 chmod o+t /home/public 设置一个文件的 STIKY 位 - 只允许合法所有人删除文件 chmod o-t /home/public 禁用一个目录的 STIKY 位 返回顶部索引 ^文件的特殊属性 - 使用 "+" 设置权限，使用 "-" 用于取消 chattr +a file1 只允许以追加方式读写文件 chattr +c file1 允许这个文件能被内核自动压缩/解压 chattr +d file1 在进行文件系统备份时，dump程序将忽略这个文件 chattr +i file1 设置成不可变的文件，不能被删除、修改、重命名或者链接 chattr +s file1 允许一个文件被安全地删除 chattr +S file1 一旦应用程序对这个文件执行了写操作，使系统立刻把修改的结果写到磁盘 chattr +u file1 若文件被删除，系统会允许你在以后恢复这个被删除的文件 lsattr 显示特殊的属性 返回顶部索引 ^打包和压缩文件 bunzip2 file1.bz2 解压一个叫做 "file1.bz2"的文件 bzip2 file1 压缩一个叫做 "file1" 的文件 gunzip file1.gz 解压一个叫做 "file1.gz"的文件 gzip file1 压缩一个叫做 "file1"的文件 gzip -9 file1 最大程度压缩 rar a file1.rar test_file 创建一个叫做 "file1.rar" 的包 rar a file1.rar file1 file2 dir1 同时压缩 "file1", "file2" 以及目录 "dir1" rar x file1.rar 解压rar包 unrar x file1.rar 解压rar包 tar -cvf archive.tar file1 创建一个非压缩的 tarball tar -cvf archive.tar file1 file2 dir1 创建一个包含了 "file1", "file2" 以及 "dir1"的档案文件 tar -tf archive.tar 显示一个包中的内容 tar -xvf archive.tar 释放一个包 tar -xvf archive.tar -C /tmp 将压缩包释放到 /tmp目录下 tar -cvfj archive.tar.bz2 dir1 创建一个bzip2格式的压缩包 tar -xvfj archive.tar.bz2 解压一个bzip2格式的压缩包 tar -cvfz archive.tar.gz dir1 创建一个gzip格式的压缩包 tar -xvfz archive.tar.gz 解压一个gzip格式的压缩包 zip file1.zip file1 创建一个zip格式的压缩包 zip -r file1.zip file1 file2 dir1 将几个文件和目录同时压缩成一个zip格式的压缩包 unzip file1.zip 解压一个zip格式压缩包 返回顶部索引 ^RPM 包 - （Fedora, Redhat及类似系统） rpm -ivh package.rpm 安装一个rpm包 rpm -ivh --nodeeps package.rpm 安装一个rpm包而忽略依赖关系警告 rpm -U package.rpm 更新一个rpm包但不改变其配置文件 rpm -F package.rpm 更新一个确定已经安装的rpm包 rpm -e package_name.rpm 删除一个rpm包 rpm -qa 显示系统中所有已经安装的rpm包 rpm -qa | grep httpd 显示所有名称中包含 "httpd" 字样的rpm包 rpm -qi package_name 获取一个已安装包的特殊信息 rpm -qg "System Environment/Daemons" 显示一个组件的rpm包 rpm -ql package_name 显示一个已经安装的rpm包提供的文件列表 rpm -qc package_name 显示一个已经安装的rpm包提供的配置文件列表 rpm -q package_name --whatrequires 显示与一个rpm包存在依赖关系的列表 rpm -q package_name --whatprovides 显示一个rpm包所占的体积 rpm -q package_name --scripts 显示在安装/删除期间所执行的脚本l rpm -q package_name --changelog 显示一个rpm包的修改历史 rpm -qf /etc/httpd/conf/httpd.conf 确认所给的文件由哪个rpm包所提供 rpm -qp package.rpm -l 显示由一个尚未安装的rpm包提供的文件列表 rpm --import /media/cdrom/RPM-GPG-KEY 导入公钥数字证书 rpm --checksig package.rpm 确认一个rpm包的完整性 rpm -qa gpg-pubkey 确认已安装的所有rpm包的完整性 rpm -V package_name 检查文件尺寸、 许可、类型、所有者、群组、MD5检查以及最后修改时间 rpm -Va 检查系统中所有已安装的rpm包- 小心使用 rpm -Vp package.rpm 确认一个rpm包还未安装 rpm2cpio package.rpm | cpio --extract --make-directories *bin* 从一个rpm包运行可执行文件 rpm -ivh /usr/src/redhat/RPMS/`arch`/package.rpm 从一个rpm源码安装一个构建好的包 rpmbuild --rebuild package_name.src.rpm 从一个rpm源码构建一个 rpm 包 返回顶部索引 ^YUM 软件包升级器 - （Fedora, RedHat及类似系统） yum install package_name 下载并安装一个rpm包 yum localinstall package_name.rpm 将安装一个rpm包，使用你自己的软件仓库为你解决所有依赖关系 yum update package_name.rpm 更新当前系统中所有安装的rpm包 yum update package_name 更新一个rpm包 yum remove package_name 删除一个rpm包 yum list 列出当前系统中安装的所有包 yum search package_name 在rpm仓库中搜寻软件包 yum clean packages 清理rpm缓存删除下载的包 yum clean headers 删除所有头文件 yum clean all 删除所有缓存的包和头文件 返回顶部索引 ^DEB 包 (Debian, Ubuntu 以及类似系统) dpkg -i package.deb 安装/更新一个 deb 包 dpkg -r package_name 从系统删除一个 deb 包 dpkg -l 显示系统中所有已经安装的 deb 包 dpkg -l | grep httpd 显示所有名称中包含 "httpd" 字样的deb包 dpkg -s package_name 获得已经安装在系统中一个特殊包的信息 dpkg -L package_name 显示系统中已经安装的一个deb包所提供的文件列表 dpkg --contents package.deb 显示尚未安装的一个包所提供的文件列表 dpkg -S /bin/ping 确认所给的文件由哪个deb包提供 返回顶部索引 ^APT 软件工具 (Debian, Ubuntu 以及类似系统) apt-get install package_name 安装/更新一个 deb 包 apt-cdrom install package_name 从光盘安装/更新一个 deb 包 apt-get update 升级列表中的软件包 apt-get upgrade 升级所有已安装的软件 apt-get remove package_name 从系统删除一个deb包 apt-get check 确认依赖的软件仓库正确 apt-get clean 从下载的软件包中清理缓存 apt-cache search searched-package 返回包含所要搜索字符串的软件包名称 返回顶部索引 ^查看文件内容 cat file1 从第一个字节开始正向查看文件的内容 tac file1 从最后一行开始反向查看一个文件的内容 more file1 查看一个长文件的内容 less file1 类似于 "more" 命令，但是它允许在文件中和正向操作一样的反向操作 head -2 file1 查看一个文件的前两行 tail -2 file1 查看一个文件的最后两行 tail -f /var/log/messages 实时查看被添加到一个文件中的内容 返回顶部索引 ^文本处理 cat file1 file2 ... | command <> file1_in.txt_or_file1_out.txt general syntax for text manipulation using PIPE, STDIN and STDOUT cat file1 | command( sed, grep, awk, grep, etc...) > result.txt 合并一个文件的详细说明文本，并将简介写入一个新文件中 cat file1 | command( sed, grep, awk, grep, etc...) >> result.txt 合并一个文件的详细说明文本，并将简介写入一个已有的文件中 grep Aug /var/log/messages 在文件 "/var/log/messages"中查找关键词"Aug" grep ^Aug /var/log/messages 在文件 "/var/log/messages"中查找以"Aug"开始的词汇 grep [0-9] /var/log/messages 选择 "/var/log/messages" 文件中所有包含数字的行 grep Aug -R /var/log/* 在目录 "/var/log" 及随后的目录中搜索字符串"Aug" sed "s/stringa1/stringa2/g" example.txt 将example.txt文件中的 "string1" 替换成 "string2" sed "/^$/d" example.txt 从example.txt文件中删除所有空白行 sed "/ *#/d; /^$/d" example.txt 从example.txt文件中删除所有注释和空白行 echo "esempio" | tr "[:lower:]" "[:upper:]" 合并上下单元格内容 sed -e "1d" result.txt 从文件example.txt 中排除第一行 sed -n "/stringa1/p" 查看只包含词汇 "string1"的行 sed -e "s/ *$//" example.txt 删除每一行最后的空白字符 sed -e "s/stringa1//g" example.txt 从文档中只删除词汇 "string1" 并保留剩余全部 sed -n "1,5p;5q" example.txt 查看从第一行到第5行内容 sed -n "5p;5q" example.txt 查看第5行 sed -e "s/00*/0/g" example.txt 用单个零替换多个零 cat -n file1 标示文件的行数 cat example.txt | awk "NR%2==1" 删除example.txt文件中的所有偶数行 echo a b c | awk "{print $1}" 查看一行第一栏 echo a b c | awk "{print $1,$3}" 查看一行的第一和第三栏 paste file1 file2 合并两个文件或两栏的内容 paste -d "+" file1 file2 合并两个文件或两栏的内容，中间用"+"区分 sort file1 file2 排序两个文件的内容 sort file1 file2 | uniq 取出两个文件的并集(重复的行只保留一份) sort file1 file2 | uniq -u 删除交集，留下其他的行 sort file1 file2 | uniq -d 取出两个文件的交集(只留下同时存在于两个文件中的文件) comm -1 file1 file2 比较两个文件的内容只删除 "file1" 所包含的内容 comm -2 file1 file2 比较两个文件的内容只删除 "file2" 所包含的内容 comm -3 file1 file2 比较两个文件的内容只删除两个文件共有的部分 返回顶部索引 ^字符设置和文件格式转换 dos2unix filedos.txt fileunix.txt 将一个文本文件的格式从MSDOS转换成UNIX unix2dos fileunix.txt filedos.txt 将一个文本文件的格式从UNIX转换成MSDOS recode ..HTML < page.txt > page.html 将一个文本文件转换成html recode -l | more 显示所有允许的转换格式 返回顶部索引 ^文件系统分析 badblocks -v /dev/hda1 检查磁盘hda1上的坏磁块 fsck /dev/hda1 修复/检查hda1磁盘上linux文件系统的完整性 fsck.ext2 /dev/hda1 修复/检查hda1磁盘上ext2文件系统的完整性 e2fsck /dev/hda1 修复/检查hda1磁盘上ext2文件系统的完整性 e2fsck -j /dev/hda1 修复/检查hda1磁盘上ext3文件系统的完整性 fsck.ext3 /dev/hda1 修复/检查hda1磁盘上ext3文件系统的完整性 fsck.vfat /dev/hda1 修复/检查hda1磁盘上fat文件系统的完整性 fsck.msdos /dev/hda1 修复/检查hda1磁盘上dos文件系统的完整性 dosfsck /dev/hda1 修复/检查hda1磁盘上dos文件系统的完整性 返回顶部索引 ^初始化一个文件系统 mkfs /dev/hda1 在hda1分区创建一个文件系统 mke2fs /dev/hda1 在hda1分区创建一个linux ext2的文件系统 mke2fs -j /dev/hda1 在hda1分区创建一个linux ext3(日志型)的文件系统 mkfs -t vfat 32 -F /dev/hda1 创建一个 FAT32 文件系统 fdformat -n /dev/fd0 格式化一个软盘 mkswap /dev/hda3 创建一个swap文件系统 返回顶部索引 ^SWAP文件系统 mkswap /dev/hda3 创建一个swap文件系统 swapon /dev/hda3 启用一个新的swap文件系统 swapon /dev/hda2 /dev/hdb3 启用两个swap分区 返回顶部索引 ^备份 dump -0aj -f /tmp/home0.bak /home 制作一个 "/home" 目录的完整备份 dump -1aj -f /tmp/home0.bak /home 制作一个 "/home" 目录的交互式备份 restore -if /tmp/home0.bak 还原一个交互式备份 rsync -rogpav --delete /home /tmp 同步两边的目录 rsync -rogpav -e ssh --delete /home ip_address:/tmp 通过SSH通道rsync rsync -az -e ssh --delete ip_addr:/home/public /home/local 通过ssh和压缩将一个远程目录同步到本地目录 rsync -az -e ssh --delete /home/local ip_addr:/home/public 通过ssh和压缩将本地目录同步到远程目录 dd bs=1M if=/dev/hda | gzip | ssh user@ip_addr "dd of=hda.gz" 通过ssh在远程主机上执行一次备份本地磁盘的操作 dd if=/dev/sda of=/tmp/file1 备份磁盘内容到一个文件 tar -Puf backup.tar /home/user 执行一次对 "/home/user" 目录的交互式备份操作 ( cd /tmp/local/ && tar c . ) | ssh -C user@ip_addr "cd /home/share/ && tar x -p" 通过ssh在远程目录中复制一个目录内容 ( tar c /home ) | ssh -C user@ip_addr "cd /home/backup-home && tar x -p" 通过ssh在远程目录中复制一个本地目录 tar cf - . | (cd /tmp/backup ; tar xf - ) 本地将一个目录复制到另一个地方，保留原有权限及链接 find /home/user1 -name "*.txt" | xargs cp -av --target-directory=/home/backup/ --parents 从一个目录查找并复制所有以 ".txt" 结尾的文件到另一个目录 find /var/log -name "*.log" | tar cv --files-from=- | bzip2 > log.tar.bz2 查找所有以 ".log" 结尾的文件并做成一个bzip包 dd if=/dev/hda of=/dev/fd0 bs=512 count=1 做一个将 MBR (Master Boot Record)内容复制到软盘的动作 dd if=/dev/fd0 of=/dev/hda bs=512 count=1 从已经保存到软盘的备份中恢复MBR内容 返回顶部索引 ^光盘 cdrecord -v gracetime=2 dev=/dev/cdrom -eject blank=fast -force 清空一个可复写的光盘内容 mkisofs /dev/cdrom > cd.iso 在磁盘上创建一个光盘的iso镜像文件 mkisofs /dev/cdrom | gzip > cd_iso.gz 在磁盘上创建一个压缩了的光盘iso镜像文件 mkisofs -J -allow-leading-dots -R -V "Label CD" -iso-level 4 -o ./cd.iso data_cd 创建一个目录的iso镜像文件 cdrecord -v dev=/dev/cdrom cd.iso 刻录一个ISO镜像文件 gzip -dc cd_iso.gz | cdrecord dev=/dev/cdrom - 刻录一个压缩了的ISO镜像文件 mount -o loop cd.iso /mnt/iso 挂载一个ISO镜像文件 cd-paranoia -B 从一个CD光盘转录音轨到 wav 文件中 cd-paranoia -- "-3" 从一个CD光盘转录音轨到 wav 文件中（参数-3） cdrecord --scanbus 扫描总线以识别scsi通道 dd if=/dev/hdc | md5sum 校验一个设备的md5sum编码，例如一张 CD 返回顶部索引 ^网络 - （以太网和WIFI无线） ifconfig eth0 显示一个以太网卡的配置 ifup eth0 启用一个 "eth0" 网络设备 ifdown eth0 禁用一个 "eth0" 网络设备 ifconfig eth0 192.168.1.1 netmask 255.255.255.0 控制IP地址 ifconfig eth0 promisc 设置 "eth0" 成混杂模式以嗅探数据包 (sniffing) dhclient eth0 以dhcp模式启用 "eth0" route -n show routing table route add -net 0/0 gw IP_Gateway configura default gateway route add -net 192.168.0.0 netmask 255.255.0.0 gw 192.168.1.1 configure static route to reach network "192.168.0.0/16" route del 0/0 gw IP_gateway remove static route echo "1" > /proc/sys/net/ipv4/ip_forward activate ip routing hostname show hostname of system host www.example.com lookup hostname to resolve name to ip address and viceversa(1) nslookup www.example.com lookup hostname to resolve name to ip address and viceversa(2) ip link show show link status of all interfaces mii-tool eth0 show link status of "eth0" ethtool eth0 show statistics of network card "eth0" netstat -tup show all active network connections and their PID netstat -tupl show all network services listening on the system and their PID tcpdump tcp port 80 show all HTTP traffic iwlist scan show wireless networks iwconfig eth1 show configuration of a wireless network card hostname show hostname host www.example.com lookup hostname to resolve name to ip address and viceversa nslookup www.example.com lookup hostname to resolve name to ip address and viceversa whois www.example.com lookup on Whois database GO TOP INDEX ^ Microsoft Windows networks (SAMBA) nbtscan ip_addr netbios name resolution nmblookup -A ip_addr netbios name resolution smbclient -L ip_addr/hostname show remote shares of a windows host smbget -Rr smb://ip_addr/share like wget can download files from a host windows via smb mount -t smbfs -o username=user,password=pass //WinClient/share /mnt/share mount a windows network share
测序中国篇三:2017年中国基因测序行业产业链及政策汇总
2017年中国基因测序产业链介绍
基因测序产业链主要由上游基因测序设备制造厂商、中游测序服务机构及生物信息分析机构和下游医院、制药企业、高校研究所等构成。
1、处于产业链最上游的是基因测序仪、测序试剂耗材制造商，国外的主要公司是Illumina、Thermo Fisher以及Roche；国内多采取与国外公司合作授权的形式，主要公司有华大基因、贝瑞和康与达安基因；从事自主研发的公司主要有紫鑫药业（与中科院基因组所合作）等。
从产业链整体上看，产业链上游的基因测序仪及配套试剂是整个产业链壁垒最高的部分，短期国外寡头垄断格局将持续，国外公司进入国内的渠道多为与国内领军者合作。
2、中游是基因测序服务和生物信息分析机构，现今国内最主要也是最成熟的基因测序服务是无创产前基因测序，美国的主要公司有Sequenom，Verinata Health，Ariosa Diagnostics和Natera；国内市场主要被华大基因及贝瑞和康垄断，其他公司还包括达安基因，诺和致源，安诺优达等；生物信息分析（数据分析）是基因测序行业一大难点，也是极具发展前景一块业务，荣之联与华大基因合作多年，积累了一定基因测序数据分析经验，是国内为数不多的能够提供生物数据云计算服务的企业。
与上游不技术密集、资金密集的情况不同，中游技术壁垒较低，且对资金投入要求较低，是目前基因测序产业链中增速最快的领域，其应用场景贯穿疾病早期筛查、疾病辅助诊断、疾病伴随诊断全流程，并有望成为疾病诊断的金标准——疾病确诊。
3、下游消费群体包括医院病人、药厂及科研机构等，基因组学是未来最被看好的领域之一，在农业、畜牧业、祖先起源、法医取证、生物能源、药物等领域均有广泛应用。
图表1：基因测序行业产业链示意图
资料来源：前瞻产业研究院整理
2017年中国基因测序行业政策汇总
近几年，国家加快培育生物技术产业，把握我国在新世纪新科技革命的战略机遇，全面建设创新型国家，使得生物行业蓬勃发展，尤其将基因测序作为国家重点领域，加大支持力度，先后推出了多项政策、制度进行扶持，为行业的发展创造了良好的政策环境。短短三年时间，我国基因测序就经历了从无监管、到叫停、到试点申报、再到取消试点限制的一系列历程，可谓是政策发布最为频繁的行业之一。
2014年以前，我国基因测序行业处于无监管状态，基因测序设备基本完全进口国外设备，基因测序服务主要是无创产前基因测序基本由华大基因和贝瑞和康两家垄断。
2014年2月，CFDA和国家卫生计生委联合发布通知，宣布包括产前基因测序在内的所有医疗技术需要应用的检测仪器、诊断试剂和相关医用软件等产品，如用于疾病的预防、诊断、监护、治疗监测、健康状态评价和遗传性疾病的预测，需经食品药品监管部门审批注册，并经卫生计生行政部门批准技术准入方可应用；已经应用的，必须立即停止。
2014年3月，即基因测序叫停一个月后，卫计委发布《关于开展高通量基因测序技术临床应用试点单位申报工作的通知》。通知要求已经开展高通量基因测序技术，且符合申报规定条件的医疗机构可以申请试点，并按照属地管理原则向所在省级卫生计生行政部门提交申报材料，同时明确申请试点的基因测序项目，如产前筛查和产前诊断、遗传病诊断、肿瘤诊断与治疗、植入前胚胎遗传学诊断等。
2015年政策面逐渐转暖，先后批准了一些大型的三甲医院和有资质的第三方检测中心作为高通量基因测序在遗传病、无创产前诊断及肿瘤诊断方面应用的试点单位。
2016年11月，卫计委发布的《国家卫生计生委办公厅关于规范有序开展孕妇外周血胎儿游离DNA产前筛查与诊断工作的通知》取消了无创产检的临床试点限制。这些举措表明监管层将逐渐有限度地放开一些高通量测序应用较为成熟的领域，在行业经过前期严肃整顿并再次放开后，行业内有竞争力的企业将迎来发展良机。
图表2：2014-2017年我国基因测序行业政策汇总及解读
资料来源：前瞻产业研究院整理
