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starbase篇(1):Starbase重新上线，广大科研汪的福音来了！
是不是等待starbase好久了？等的花都谢了，不过你不用再等了，我们突然发现starbase又回来了
还是熟悉的界面，还是安阳花花绿绿的，这样我的课题设计又着落了！
我们在前面的内容里面介绍了N多好用的数据库和软件（临床基础科研常用数据库大盘点），今天我们就来看看这些数据库是哪些国内的学校实验室和大牛做出来的，我们一个一个介绍。
Starbase（http://starbase.sysu.edu.cn/index.php）-中山大学
Starbase是做lncRNA/circRNA/microRNA等研究常用的强大数据库，Starbase可以帮我们解决这些问题：
一、根据microRNA找非编码RNA（比如lncRNA，circRNA等）
二、根据microRNA找mRNA靶点；
三、查找ceRNA调控分子；
四、查找RNA的结合蛋白；
关于数据库的使用我们介绍过，大家可以查看：这么强大的网站，居然还不会用？
Starbase数据库于2011年上线，2014年更新到了2.0版本，开发者是中山大学RNA信息中心的屈良鹄研究团队。
屈良鹄教授是生命科学学院教授、博士生导师，国家杰出青年基金获得者，教育部“长江学者奖励计划”特聘教授。长期从事分子生物学与基因工程方面的教学与科学研究，是RNA组学领域专家。他先后主持国家自然科学基金重点项目、国家科技部“973”重要科学前沿项目以及中美和中法等国际合作等项目。在Nature、Science、PNAS、Hepatology、Nucleic Acids Res等国际重要杂志上发表论文100余篇，论文被引用2000余次、获国家发明专利5项。
使用Starbase数据库需要引用原文：
starBase v2.0: decoding miRNA-ceRNA, miRNA-ncRNA and protein-RNA interaction networks from large-scale CLIP-Seq data.
starBase: a database for exploring microRNA-mRNA interaction maps from Argonaute CLIP-Seq and Degradome-Seq data.
除了Starbase外，他们实验室还开发了：
DeepBase（从高通量测序数据中系统发掘多种小RNA的计算平台，Nucleic Acids Res. 2010，http://rna.sysu.edu.cn/deepBase/）；
miRExplorer（高通量发掘miRNA的可视化软件，RNA Biology 2011，http://biocenter.sysu.edu.cn/mir/.）等。
下面我们介绍DeepBase这个数据库：
大家从deepBase的介绍中可以看到deepBase可用于挖掘数据库中miRNA，lncRNA和circRNA测序的数据。
既可以浏览数据，查看circRNA/lncRNA/microRNA/mRNA的表达、物种保守性、功能、注释，还可以下载数据。
下面我们重点介绍一些比较好用的功能：
1. 表达Expression：
包括了circRNA/lncRNA/microRNA/mRNA在不同物种中不同组织中的表达，我们以第一项lncRNA为例，单击下图中的红框：
打开以后我们可以看到下面的界面：
其中通过红色的框我们可以通过Name和geneSymbol进行检索。这个功能对我们挑选新基因的时候有非常好的参考意义，我们知道有很多lncRNA的选择就是指在某个组织中特异性表达的。
2. 进化 Evolution：
这里就显示了某条lncRNA在物种里面的具体数值，同样我们也可以根据Name和geneSymbol进行检索，比如HOTAIR：
再结合UCSC数据库中HOTAIR的物种保守性图片，非常好用（查询方法见文章：如何查询分子的物种保守性？）。
Function功能、Annotation注释和Download下载用起来有些麻烦，小张试了下，花了很长时间，
今天就不介绍了，我们下次再讲。
starbase篇(2):这么好用的数据库是谁发明的？(1)
我们在前面的内容里面介绍了N多好用的数据库和软件（临床基础科研常用数据库大盘点），今天我们就来看看这些数据库是哪些国内的学校实验室和大牛做出来的，我们一个一个介绍。
Starbase（http://starbase.sysu.edu.cn/index.php）-中山大学
Starbase是做lncRNA/circRNA/microRNA等研究常用的强大数据库，Starbase可以帮我们解决这些问题：
一、根据microRNA找非编码RNA（比如lncRNA，circRNA等）
二、根据microRNA找mRNA靶点；
三、查找ceRNA调控分子；
四、查找RNA的结合蛋白；
关于数据库的使用我们介绍过，大家可以查看：这么强大的网站，居然还不会用？
Starbase数据库于2011年上线，2014年更新到了2.0版本，开发者是中山大学RNA信息中心的屈良鹄研究团队。
屈良鹄教授是生命科学学院教授、博士生导师，国家杰出青年基金获得者，教育部“长江学者奖励计划”特聘教授。长期从事分子生物学与基因工程方面的教学与科学研究，是RNA组学领域专家。他先后主持国家自然科学基金重点项目、国家科技部“973”重要科学前沿项目以及中美和中法等国际合作等项目。在Nature、Science、PNAS、Hepatology、Nucleic Acids Res等国际重要杂志上发表论文100余篇，论文被引用2000余次、获国家发明专利5项。
使用Starbase数据库需要引用原文：
starBase v2.0: decoding miRNA-ceRNA, miRNA-ncRNA and protein-RNA interaction networks from large-scale CLIP-Seq data.
starBase: a database for exploring microRNA-mRNA interaction maps from Argonaute CLIP-Seq and Degradome-Seq data.
除了Starbase外，他们实验室还开发了：
DeepBase（从高通量测序数据中系统发掘多种小RNA的计算平台，Nucleic Acids Res. 2010，http://rna.sysu.edu.cn/deepBase/）；
miRExplorer（高通量发掘miRNA的可视化软件，RNA Biology 2011，http://biocenter.sysu.edu.cn/mir/.）等。
下面我们介绍DeepBase这个数据库：
大家从deepBase的介绍中可以看到deepBase可用于挖掘数据库中miRNA，lncRNA和circRNA测序的数据。
既可以浏览数据，查看circRNA/lncRNA/microRNA/mRNA的表达、物种保守性、功能、注释，还可以下载数据。
下面我们重点介绍一些比较好用的功能：
1. 表达Expression：
包括了circRNA/lncRNA/microRNA/mRNA在不同物种中不同组织中的表达，我们以第一项lncRNA为例，单击下图中的红框：
打开以后我们可以看到下面的界面：
其中通过红色的框我们可以通过Name和geneSymbol进行检索。这个功能对我们挑选新基因的时候有非常好的参考意义，我们知道有很多lncRNA的选择就是指在某个组织中特异性表达的。
2. 进化 Evolution：
这里就显示了某条lncRNA在物种里面的具体数值，同样我们也可以根据Name和geneSymbol进行检索，比如HOTAIR：
再结合UCSC数据库中HOTAIR的物种保守性图片，非常好用（查询方法见文章：如何查询分子的物种保守性？）。
Function功能、Annotation注释和Download下载用起来有些麻烦，小张试了下，花了很长时间，
今天就不介绍了，我们下次再讲。
starbase篇(3):LncRNA 数据库专题-starBase
starBase（网址：http://starbase.sysu.edu.cn/）由中山大学团队开发，用来研究由大规模 CLIP-Seq (HITS-CLIP, PAR-CLIP, iCLIP, CLASH) 产生的lncRNA, miRNA, ceRNA, RNA-bingding protein 和mRNA互作网络的数据库，其中的数据包含了14中tumor samples，超过了6000个样本。starBase也可以用来研究Protein-RNA，miRNA-target interactions (protein-lncRNA, protein-sncRNA, protein-mRNA, protein-pseudogene, miRNA-lncRNA, miRNA-mRNA, miRNA-circRNA, miRNA-pseudogene, miRNA-sncRNA interactions and ceRNA networks等)。starBase也可以用来预测ncRNA和protein-coding gene的功能。
StarBase是做lncRNA, circRNA, microRNA等研究常用的强大数据库，作用包括以下4点：一、根据microRNA找非编码RNA（lncRNA，circRNA，psuedogene, sncRNA）二、根据microRNA找mRNA靶点三、查找ceRNA调控分子四、查找RNA的结合蛋白
一、根据microRNA找非编码RNA
这里以CircRNA为例，选择物种类群（mammal or worm）, genome, assembly, 以及严谨度（low, medium, high, and very high），最后可以输入CircRNA的名字，点击search。
这里我把CircRNA留白，直接搜索，可以看到一共有137316个条目，可以点击旁边的export导出：
点击Targetsite
可以看到详细信息：
二、根据microRNA找mRNA靶点
以miRNA-mRNA interactions为例，可以默认下面的选项，点击搜索
可以看到一共条目数：423975，点击DEK基因的CancerNum
可以看到hsa-miR-200b-3p与14中cancer type的相关性等详细信息
三、查找ceRNA调控分子
以抑癌基因tp53为例
点击FZD4(protein_coding)还可以链接到NCBI的数据库
四、查找RNA的结合蛋白
以protein-lncRNA互作为例，搜索MALAT1
可以得到30个结果，点击PTB基因的cancerNum
可以看到PTB-MALAT1互作在不同cancer type中的相关性和显著性。
本文作者：华农qians参考资料http://mp.weixin.qq.com/s/ONZ3LhC6G1BDGn063b6ZTg还有更多文章，请移步公众号阅读
